Założone w 1956 r. „Odrodzenie i Reformacja w Polsce” nawiązywało do tradycji rocznika „Reformacja w Polsce” wydawanego nieregularnie w latach 1922-1952. Pierwszym redaktorem naczelnym pisma w latach 1957-1964 był prof. Kazimierz Lepszy (UJ). Z czasopismem od momentu założenia przez 60 lat związany był badacz kultury staropolskiej oraz dziejów reformacji i kontrreformacji w Polsce prof. dr hab. Janusz Tazbir (IH PAN), najpierw jako członek redakcji i sekretarz, w latach 1965-2006 – redaktor naczelny, a w latach 2007-2016 – członek rady redakcyjnej. Duży wpływ na kształt czasopisma wywarł prof. dr hab. Lech Szczucki (IFiS PAN), zastępca redaktora naczelnego (1975-2003), współredaktor (2004-2006), członek rady redakcyjnej (2007-2019). Następnie czasopismem kierowali: dr hab. Adam Manikowski (IH PAN) – w latach 2007-2011, prof. dr hab. Piotr Salwa (UW) – w latach 2007-2012, prof. dr hab. Wojciech Kriegseisen (IH PAN) (2012-2022). Aktualnie na czele zespołu redakcyjnego stoi prof. dr hab. Piotr Salwa. W Radzie Redakcyjnej zasiadają także wybitni badacze związani z zagranicznymi ośrodkami naukowymi: prof. Hans–Jürgen Bömelburg, prof. dr hab. Jan Miernowski i Margarita Korzo.

W ostatnich latach „Odrodzenie i Reformacja w Polsce” realizowało program „Wsparcie dla czasopism naukowych” MNiSW.

Następnie realizowano 2-letni projekt MEiN „Rozwój czasopism naukowych” (umowa nr RCN/SN/0182/2021/1 z 18.11.2022 r., finansowanie z budżetu państwa 55870,00 zł na lata 2023-2024), mający na celu dalsze podnoszenie poziomu naukowego i edytorskiego czasopisma ukazującego się w otwartym dostępie i większe umiędzynarodowienie (poprzez m.in. zamieszczanie tekstów w języku angielskim, aktualizację strony internetowej, aplikowanie do baz referencyjnych, przekazywanie egzemplarzy promocyjnych).